El virión maduro tiene tres proteínas estructurales: la proteína C de la nucleocápside, la proteína M, asociada a la membrana y la proteína E de la envoltura y otras proteínas no estructurales: NS1, NS2A, NS2B, NS3, NS4A, NS4B y NS5. Todas estas proteínas se forman a partir de una gran poliproteína, para la cual codifica el genoma del virus. El genoma de ARN del virus dengue, tiene por característica presentar un cap (capucha) en su extremo 5' (m7GpppAmp) y carecer de un tracto poliadenilado en su extremo 3'. Presenta además un marco de lectura abierto (ORF: Open read frame por sus siglas en inglés) que varía en tamaño de acuerdo con cada serotipo del virus, incluso entre un mismo serotipo.
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